Además de todas la causas ya conocidas favorecedoras de infección intrahospitalaria, la necesidad de una vía aérea artificial, la manipulación por el personal que atiende al paciente y la contaminación del respirador, aumentan la vulnerabilidad de las barreras fisiológicas a la infección.
La intubación endotraqueal suprime todos los mecanismos de defensa propios de la mucosa nasal y faríngea, e inhibe el reflejo de la tos favoreciendo la acumulación de secreciones traqueobronquiales con la consiguiente posibilidad de contaminación y posterior sobreinfección. En el caso de la traqueostomía, la infección del estoma es muy frecuente, y a partir de aquí la contaminación resulta fácil.
Todos los autores coinciden en que el riesgo de sobreinfección está en relación directa con el tiempo de VM, y los gérmenes responsables por orden de frecuencia son: Pseudomonas , Klebsiella, Proteus, Serratia y Staphilococcus.